Архив СПБИИ РАН возник как преемник собраний Археографической комиссии, образованной в 1837 г. указом императора Николая I при Министерстве народного просвещения с целью собирания, изучения и издания исторических источников по истории России. К 1917 г. рукописные материалы Археографической комиссии составили 92 фонда и коллекции, насчитывавшие свыше 64 тысяч единиц хранения.
В январе 1922 г. Археографическая комиссия вошла в состав Академии наук. Ее фонды и коллекции пополнились национализированными архивами монастырей и частных собраний и ряда фондов, переданных из других архивов.
В 1936 г. все это источниковое богатство было передано в архив образовавшегося в том же году Ленинградского отделения Института истории Академии наук СССР (ЛОИИ — в настоящее время Санкт-Петербургский институт истории РАН). Существенной частью коллекции ЛОИИ стала также коллекция знаменитого собирателя русских и западноевропейских актов, рукописных книг, автографов и печатей академика Н.П.Лихачева, создававшаяся с 80-х гг. XIX в. до начала Первой мировой войны.
Санкт-Петербургский институт истории РАН вместе со своим Научно-историческим архивом располагается в историческом здании – бывшем особняке Н. П. Лихачева. Научно-исторический архив состоит из двух секций: Русской и Западноевропейской.
