В настоящее время в Русской секции архива имеется 311 фондов и коллекций и свыше 164 тысяч единиц хранения. Основная часть рукописей относится к ХVI–ХVIII вв. Здесь хранятся подлинные грамоты и указы первого «государя всея Руси» Ивана III и его внука Ивана Грозного, царя Алексея Михайловича Тишайшего и его энергичного сына, первого императора России Петра I, Екатерины II и Павла I, тысячи документов из собраний сподвижников Петра I – кн. Меншикова и гр. Шереметева, архивы целых династий выдающихся государственных деятелей и полководцев – Румянцевых, Воронцовых, Мордвиновых и Горчаковых, разнообразные документы, в том числе и рапорты, с полей сражений Отечественной войны 1812 г., приказы М.И.Кутузова и П.И Багратиона, «прелестные письма» Степана Разина и «указы» Е.Пугачева, автографы М.В. Ломоносова и письма Н.М.Карамзина, рукописи В.Н.Татищева, М.Сперанского, «Проэкты» А.Н.Радищева. Таким образом документы Русской секции отражают разнообразные стороны социально–экономической, политической, военной и культурной истории Русского государства за семь столетий (с XIV по XX вв.).
Значительную группу фондов составляют фонды местных учреждений (местного управления) XVI–XVII и отчасти XVIII вв. Это документы воеводских и земских изб, приказных палат, а также пришедших им на смену канцелярий и казенных присутствий Они содержат сведения по истории более чем 180 городов и административных центров Российской империи. Особенно полно представлен регион Северо–Запада с городами Архангельск, Белоозеро, Вологда, Каргополь, Новгород, Олонец, Петербург, Псков, Тихвин и др. Имеются фонды по Поволжью, в т. ч. колоссальный фонд Астраханской приказной палаты из 14 тыс. дел (XVII – нач. XVIII вв.), который содержит подробную историю этого российского форпоста в низовьях Волги. Много фондов сохранилось по Уралу и Сибири, в частности по таким городам как Екатеринбург, Пермь, Верхотурье, Енисейск, Иркутск, Нерчинск, Тобольск, Тюмень и др. Фонд Якутской воеводской избы с особой полнотой раскрывает быт и взаимоотношения ясачных и служилых людей в Якутии, вопросы управления Якутии, торговлю с Китаем и другое (1130 ед. хр., гл. обр. за XVII в.
Имеются крупные комплексы подлинных документов по истории Украины, среди которых купчие грамоты XV в., польские «универсалы» XVI в., «кошевой» архив Запорожской Сечи XVII в., акты Киевской и Черниговской казенных палат XVIII в.
Большее количество рукописных материалов относится к истории церкви. В архиве хранятся более 160 монастырских фондов с XV по XX вв. В их числе архив крупнейшего на Северо–Западе Иверского монастыря, мощного духовного и хозяйственного центра, основанного патриархом Никоном в 1653 г. и до его упразднения в 1920 г. (26 тыс. ед. хр.) и фонд Успенского Тихвинского монастыря (19 тыс. ед. хр. 1564–1918 гг.).
Среди фондов военных учреждений особое место принадлежит т.н. «Походным канцеляриям» прославленных военных и государственных деятелей петровского времени–кн. А.Д.Меншикова и гр. Б.П.Шереметева. Документы этих фондов с наибольшей полнотой отражают бурное время петровских преобразований в России, деятельность целой плеяды «птенцов гнезда Петрова» в период Северной войны и других военных действий.
Фамильные и личные фонды включают свыше 200 семейных и личных собраний за XVI––XIX вв. В них представлены все социальные слои русского общества, от царствовавшей династии до мещан и крестьян. Среди них личные фонды имп. Петра I и Екатерины П, князей Воронцовых и горнозаводчиков Демидовых.
Типичным семейным архивом провинциального дворянского рода является фонд калужских помещиков Кашкиных, известных замечательными деятелями, от декабристов и петрашевцев до ученых и сенаторов. За четыре с половиной века в архиве этой семьи отложилось свыше 2 тысяч документов и 4760 писем. Фонд содержит ценные сведения о жизни и деятельности представителей российского дворянства.
Фонды Русской секции (всего их 191), кратко упомянутые здесь, являются основным богатством и гордостью архива как по количеству ед. хранения, так и по разнообразию содержания и размаху хронологических рамок.
Кроме фондов в Русской секции имеются и 120 коллекций, самая крупная из которых принадлежала академику Н.П.Лихачеву, она насчитывает 12 340 единиц хранения, в числе которых свыше 700 старинных рукописных книг, а 122 книги относятся к древнейшим памятникам русского рукописного книжного искусства на пергамене и на бумаге за XIII – XVI в. Здесь русские летописи, хроники, Степенные и Разрядные книги, Судебники, Жития святых, рукописи исторического и географического характера русских средневековых ученых, сборник слов и поучений отцов церкви, так называемые Пандекты Никона Черногорца (XIV в.), подписанный болгарским патриархом Феодосием. Полуустав, которым написан этот фолиант, Н.П.Лихачев считал самым красивым и посвятил этой рукописи специальное исследование. Многие книги его коллекции украшены прекрасными миниатюрами и являются произведениями искусства.
Актовый материал коллекции Лихачева насчитывает свыше 11 тыс. дел. Он разделен на несколько десятков более мелких коллекций и фондов: коллекция древнейших грамот, коллекция патентов, дипломов и грамот на дворянство, коллекция автографов и др. Коллекция автографов насчитывает 1252 автографа выдающихся деятелей не только России, но и других государств. Автографы имеют самый разнообразный характер, иногда это просто подпись, как у Ломоносова, Багратиона или Меншикова. В других случаях это оригинальные литературные произведения, написанные полностью рукою автора, как у Рылеева, Тютчева, Чехова, Ахматовой, иногда это деловые и дружеские записки и письма как у Некрасова, Тургенева, Герцена, Ключевского, Левитана, Айвазовского. В коллекции автографов находятся редкие документы ряда иностранных ученых, работавших в России в XVIII в. (Шлецер, Бернулли, Эйлер и др. и нашедших здесь вторую родину).
