Санкт-Петербургский Институт истории РАН ведет начало от Археографической комиссии Министерства народного просвещения, созданной в 1834 г., которая в 1922 г. была передана в ведение Академии наук. В составе Академии находилась также Постоянная историческая комиссия, созданная в 1903 г. В 1926 г. две эти комиссии были объединены в Постоянную историко-археографическую комиссию, которая в 1931 г. была преобразована в Историко-археографический институт АН СССР (ИАИ). В 1925 г. на базе богатейшей архивной коллекции, подаренной Академии наук Н.П. Лихачевым, был создан Музей палеографии (Музей палеографии акад. Н.П.Лихачева и его судьба. 1925-1930 // «Звучат лишь письмена…». К 150-летию со дня рождения академика Николая Петровича Лихачева. СПб.: Гос. Эрмитаж, 2012. С.49-65 ). В 1930 г. он был преобразован в Музей книги, документа и письма, а в 1931 г. – в Институт книги, документа и письма АН СССР (ИКДП). В 1927 г. было создано Ленинградское отделение Института истории Российской Ассоциации научно-исследовательских институтов общественных наук (ЛОИИ РАНИОН). В 1928 г. оно был преобразовано в Научно-исследовательский институт методологии марксизма (ЛИМ), а в 1929 г., когда Институт истории РАНИОН был передан в состав Коммунистической академии, на базе ЛИМ был создан Институт истории Ленинградского отделения Коммунистической академии (ЛОКА).
В соответствии с постановлением СНК СССР и ЦК ВКП(б) от 8 февраля 1936 г. Коммунистическая академия была ликвидирована, а все ее учреждения переданы в состав Академии наук СССР. В Москве был образован Институт истории АН СССР, в Ленинграде распоряжением дирекции Института истории от 29 марта 1936 г. создано Ленинградское отделение Института истории АН СССР (ЛОИИ), возникшее на основе трех ранее существовавших учреждений: ИАИ, ИКДП и Института истории ЛОКА. Основной костяк его коллектива составили бывшие сотрудники Историко-археографического института.
Большинство научных направлений также перешли в ЛОИИ из ИАИ. При создании ЛОИИ в его составе было образовано 4 сектора: Археографический, Вспомогательных исторических дисциплин, истории древнего мира, истории колониальных стран (упразднен в конце 1936 г.). В основу Архива ЛОИИ положены собрания Императорской Археографической комиссии и рукописная часть коллекции академика Н.П. Лихачева. В 1937 г. Археографический сектор преобразован в Сектор истории народов СССР, состоящий из трех групп: истории раннего феодализма, истории позднего феодализма, истории народов Советского Востока. В 1938 г. были созданы: Сектор истории Средних веков и Сектор Новой истории. В 1939 г. Сектор истории народов СССР разделен на два: Сектор истории СССР до XIX в. и Сектор истории СССР XIX–XX вв.
В сер. – втор. пол. 1930-х годов многие сотрудники ЛОИИ, включая руководство, стали жертвами сталинских репрессий. ЛОИИ оказалось на плохом счету у тогдашних идеологов науки: в частности, в газете «Правда» от 31 июля 1938 г. его подвергли критике как «институт древностей с явным антимарксистским уклоном». Некоторые научные направления, заявленные при создании института, оказались свернуты, например, исследование народов российского Востока, план нового Полного собрания русских летописей, а также издание монументальной серии русских актов. Число сотрудников сократилось наполовину: с 81 (при создании ЛОИИ) до 43-х человек (в 1941 г.). Не шли на пользу Институту и постоянные перемены в его структуре: к началу 1941 г. он состоял из 6-ти научных групп: Истории народов СССР до XIX в., Истории народов СССР XIX–XX вв., истории древнего мира, византиноведения, славяноведения, новой истории.
Огромные потери понесло ЛОИИ в годы Великой Отечественной войны. Около 20 человек погибли во время ленинградской блокады. Некоторые сотрудники ушли на фронт, другие были эвакуированы, большинство — в Ташкент, а также в другие города. Уполномоченной ЛОИИ оставалась М.И. Стеблин-Каменская, умершая в марте 1943 г. После ее смерти руководство Институтом было возложено на К.Н. Сербину. В Ленинграде оставалась также заведующая библиотекой ЛОИИ Н.Н. Полянская. Именно их заслугой было спасение бесценных архивных коллекций и библиотеки Института в условиях блокады. В августе 1944 г. сотрудники начали возвращаться в ЛОИИ, однако, даже в 1946 г. число их составляло всего 34 человека, объединенных в 4 группы: истории народов СССР, истории древнего мира, истории Византии, истории Западной Европы. Но и в таком составе в послевоенные годы Институт продолжал раздражать власть. В 1949 г. он резко критиковался партийным руководством Ленинграда за «обращение к далекому прошлому», «примиренческое отношение к неизжитым традициям буржуазной исторической науки», «политически сомнительный» состав сотрудников, отсутствие разработки проблем, «которых требует от советских историков ЦК партии».
В 1992 г. ЛОИИ АН СССР преобразуется в Санкт-Петербургский филиал Института российской истории РАН. В 2000 г. институт получил самостоятельность и в соответствии с Постановлением Президиума РАН № 188 от 27.06.2000 г. приказом по институту № 1 от 3.01.2002 г. был переименован в Санкт-Петербургский Институт истории РАН.
В соответствии с Постановлением Президиума РАН № 274 от 18.12.2007 г. институт внутренним приказом № 104 от 01.10.2009 г. переименован в Учреждение Российской академии наук Санкт-Петербургский институт истории РАН с сохранением аббревиатуры СПбИИ РАН.
В 2011 г. в соответствии с Постановлением Президиума РАН от 13.12.2011 г. институт переименован в Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Санкт-Петербургский институт истории РАН.
СПбИИ РАН, осуществляющий фундаментальные исследования в области отечественной и всеобщей истории, источниковедения и историографии, продолжает традиции петербургской научной школы историков, у истоков которой стояли П.М.Строев, Я.И.Бередников, К.Н.Бестужев-Рюмин, С.Ф.Платонов, А.С.Лаппо-Данилевский, Н.П.Лихачев, А.Е.Пресняков, И.М.Гревс и другие крупнейшие российские ученые. В Институте в разные годы работали академики Б.Д.Греков, Н.С.Державин, С.А.Жебелев, В.В.Струве, Е.В.Тарле, А.А.Фурсенко, Б.В.Ананьич, И.П.Медведев, члены-корреспонденты О.А.Добиаш-Рождественская, В.И. Рутенбург, В.А.Шишкин и Р.Ш.Ганелин, доктора наук Ю.Г.Алексеев, А.И.Андреев, О.Л.Вайнштейн, С.Н.Валк, лауреат Государственной премии СССР А.З.Ваксер, А.И.Доватур, В.С.Дякин, О.Н.Знаменский, Д.П.Каллистов, Т.М.Китанина, А.И.Копанев, В.М.Ковальчук, Ш.М.Левин, М.В.Левченко, Е.Э.Липшиц, А.Д.Люблинская, А.Г.Маньков, А.И.Молок, В.А.Нардова, А.А.Нейхардт, В.В.Носков, Н.Е.Носов, В.М.Панеях, Б.А.Романов, К.Н.Сербина, М.Е.Сергеенко, Е.Ч.Скржинская, И.И.Смирнов, Ю.Г.Соловьев, В.И.Старцев, А.Л.Фрайман, В.Г.Чернуха, И.П.Шаскольский, И.А.Шишова, З.В.Дмитриева, Заслуженный деятель науки А.Н.Цамутали и многие другие.
Председателем Археографической комиссии и Постоянной исторической комиссии (а после их слияния Постоянной историко-археографической комиссии) до 1930 г. был акад. С.Ф. Платонов, в 1930 г. (после ареста С.Ф. Платонова) и.о. председателя — директор Пушкинского Дома акад. П.Н. Сакулин (ум. в 1930 г.), в 1931 г. акад. М.Н. Покровский (ум. в 1932 г.). Директор ИАИ — С.Г. Томсинский (снят в 1934 г., арестован в 1936 г.), в 1935 г. акад. В.П. Волгин. Директором Музея палеографии до ареста в 1930 г. был акад. Н.П. Лихачев, в 1930 г. акад. С.Ф. Ольденбург, директор ИКДП — акад. А.С. Орлов.
Первым заведующим ЛОИИ (заместителем директора Института истории АН СССР по Ленинградскому отделению) Постановлением Президиума АН СССР от 5 апреля 1936 г. был назначен академик Б. Д.Греков, а после назначения его директором Института истории АН СССР с 20 февраля 1938 г. по 1939 г. эти обязанности исполнял д.и.н. профессор С.Н.Валк. С сентября 1940 г. по сентябрь 1944 г. заведующим ЛОИИ АН СССР являлся д.и.н., профессор М.В.Левченко, а с сентября 1944 г. по ноябрь 1945 г. – д.и.н. Ю.П.Францов. Во время блокады Ленинграда уполномоченным ЛОИИ АН СССР с 22 марта 1943 г. была к.и.н. К.Н.Сербина, которая в дальнейшем с 3 декабря 1945 г. по август 1947 г. являлась врио. заведующей ЛОИИ АН СССР. Далее эту должность занимали к.и.н. С.И.Аввакумов (август 1947 г. — февраль 1949 г.), д.и.н. М.С.Иванов (1950-1951), врио. к.и.н. Б.М.Кочаков (28 апреля 1952 г. – 31 января 1953 г.), д.и.н. М.П.Вяткин (1 февраля 1953-1961), д.и.н, профессор Н.Е.Носов (сентябрь 1961 г. — апрель 1981 г.), д.и.н., профессор, член-корреспондент РАН В.А.Шишкин (апрель 1981 г. – апрель 1999 г.), д.и.н. В.Н.Плешков (1999—2013 г.). д.и.н., профессор Н.Н.Смирнов (июнь 2013—январь 2018), д.и.н. А.И.Рупасов (вр.и.о. директора) (январь—август 2018). С сентября 2018 г. Институт возглавляет д.и.н., член-корр. РАН А.В.Сиренов.
Археографическая комиссия в XIX в. находилась в здании Министерства народного просвещения (Чернышёва пл. (ныне – пл. Ломоносова), д. 2), а в нач. 1920-х годов по адресу: Надеждинская ул. (ныне – ул. Маяковского), д. 27. Постоянная историческая комиссия помещалась на Университетской наб., д. 5 (в главном здании Академии наук). В сер. 1920-х годов Археографическая комиссия (Археографический институт) и Постоянная историческая комиссия (после слияния — Постоянная историко-археографическая комиссия, затем ИАИ), как и многие академические учреждения, переехали в дом на Тучковой наб., д. 2, но уже в 1935-1936 гг. Историко-археографический институт располагался в главном здании Академии наук на Университетской наб., д. 5.
Музей палеографии Н.П. Лихачева изначально размещался по адресу: ул. Петрозаводская, д. 7. После ареста Н.П. Лихачева в 1930 г. был перемещен в здание БАН по адресу Биржевая линия, д. 1. Туда же переехало вскоре после своего образования ЛОИИ. Через 30 лет, в 1966 г. Институт покинул здание БАН и разместился на Петрозаводской ул., д. 7 в бывшем особняке Н.П. Лихачева, где находится до настоящего времени.
В настоящее время в СПбИИ РАН работают 30 докторов и 40 кандидатов наук, в том числе член-корреспондент РАН А.В. Сиренов.
При СПбИИ РАН действуют Санкт-Петербургское отделение Археографической комиссии РАН, Санкт-Петербургское отделение Научного совета РАН по историографии и источниковедению, Северо-Западное отделение Научного совета РАН «История социальных реформ, движений и революций», а также городская Византийская группа.
